Партия «Альянс Зеленых» создана на учредительном съезде 24 апреля 2012 г. в г. Можайске Московской области. Ранее в различные периоды своей истории имела названия: «Альянс Зеленых - Народная партия», «Альянс Зеленых и Социал-демократов».
Создание партии приехали поддержать представители российских и международных экологических организаций, лидеры зарубежных зеленых партий. В съезде участвовали делегаты, представлявшие почти 70 регионов страны из всех федеральных округов, в том числе действующие депутаты заксобраний различных уровней. «Альянс Зеленых» объединил экологов, ученых, экспертов, сторонников партии, разделяющих ценности зеленой идеологии.
В качестве основополагающих принципов идеологии партии были приняты положения Хартии глобальных зеленых и Хартии европейских зеленых. «Альянс Зеленых» первым в истории России взял курс на построение независимой партии федерального масштаба, воплощающей идеи глобального зеленого движения. Новая партия – объединение граждан, убежденных в том, что ответственный, свободный, счастливый человек и благоприятная среда его обитания являются абсолютными приоритетами политического, экономического, социального и культурного развития государства.
Спустя всего три месяца после регистрации партия «Альянс Зеленых» приняла участие в своих первых выборах муниципального и регионального уровня. Всего же за три года партия выдвинула 1500 кандидатов в более чем 40 регионах страны. На сегодняшний момент «Альянс Зеленых» занимает одно из лидирующих мест среди непарламентских партий по представленности в органах власти – в общей сложности партия представлена 52 мандатами в исполнительных и законодательных органах власти.
В феврале 2013 года был запущен партийный проект «Зеленый трибунал», в рамках которого, по обращениям от жителей различных городов РФ – от Калининграда до Владивостока, – партия занялась разрешением более 1000 экологических конфликтов. Среди успешно завершенных проектов: предотвращение вырубки леса на особо охраняемой территории Волго-Ахтубинской поймы в Волгограде, ликвидация последствий прорыва коллектора в подмосковном Оболенске, защита от вырубки леса в Автозаводском парке и парке Кулибина Нижнего Новгорода, устранение проблемы стоянки большегрузного транспорта в г. Клин, прекращение строительства компанией «Газпром» газопровода на заповедном плато Укок на Алтае, закрытие незаконно построенного подпольного нефтеперерабатывающего завода в Северной Осетии; ликвидация разлива сточных вод, которые затопили более 50 гектаров леса в Нацпарке «Завидово» (Подмосковье), запрет на вырубку знаменитой Платановой Аллеи в Сочи, прекращение ядовитых выбросов дочернего предприятия «Кольская ГМК» в Мурманской области и многие другие.
25 января в Москве состоялся III Внеочередной объединительный съезд «Альянса Зеленых – Народной партии», на котором состоялось слияние сразу пяти партий в единую политическую структуру.
Делегаты съезда проголосовали за новое наименование партии, эмблему и структуру руководящих органов, куда помимо руководителей пяти партий вошли депутаты Государственной думы и общественные деятели. Новое объединение получило название «Альянс зеленых и социал-демократов». Путём тайного голосования сопредседателями партии избраны Глеб Фетисов и Геннадий Гудков.
Вместе с «Альянсом Зеленым» Глеба Фетисова и «Социал-демократами» Геннадия Гудкова в новый политический союз вошли «Свобода и Справедливость» героя России Сергея Нефёдова, «Партия свободных граждан» Павла Склянчука, а также «Колокол» Николая Дижура.
Несмотря на сложный организационный период, связанный с арестом основателя «Альянса» Глеба Фетисова, на прошедших в сентябре 2015 г. выборах партия провела несколько десятков депутатов в Республике Башкортостан и Московской области.
12 декабря в Москве состоялся внеочередной съезд партии «Альянс Зеленых и социал-демократов». Съезд был инициирован в связи с уходом её лидера – бизнесмена, бывшего сенатора и владельца "Моего банка" Глеба Фетисова.
Председателем партии был избран Член Общественной палаты Москвы, зампред Совета депутатов Войковского района Александр Закондырин. Центральный Совет партии возглавил Сергей Богданов. Всего в состав Центрального совета партии «Альянс Зеленых» вошли 18 человек, включая председателя партии, который входит в ЦС по должности.
В 2016 год партия вступила под знаком возрождения и выхода на новый уровень экологической, общественной и политической активности. «Альянс Зеленых» взял курс на возврат в русло «зеленой» повестки, разработку и реализацию вариантов сотрудничества с широким спектром политических и общественных экологических организаций.
2 июля 2016 г. партия провела VI Съезд, который впервые в российской политической истории прошел. как и подобает мероприятию экологов, под открытым небом. «Альянс Зеленых» обнародовал свои планы по участию в федеральной избирателньой кампании, а также рассказал о перспективах участия в выборах депутатов законодательных собраний Московской и Мурманской областей. На этом же съезде была принята новая партийная программа.
В настоящий момент «Альянс Зеленых» имеет 65 региональных отделений. В «Альянсе» состоит более 5 000 зарегистрированных членов.